苍穹霸主2：第二时代讲述的是一场发生在魔法时代的争斗故事，故事的主人公从一出生便担负起了重任，一段历练英雄的经历开始了。故事的最初，红蓝绿三个颜色代表着三个不同的种族，其中混沌族的标志是红色的火焰，机动族的标志则是充满了蓝色的空气，而生机勃勃的绿色的森林则是活力族的代表，唯有械化族的颜色是凝重深沉的黑色。这四个种族支撑着整个苍穹大地，许许多多的生灵生长在这片土地上，祥和宁静的日子一时间被一场争斗打破了，各个种族之间产生了一股具有十分强大的力量的白色物体，这样一股子灵气让整个世界充满了邪恶和不幸。玩家就是来到这里乱世即将成为拯救乱世的英雄，整个游戏的过程充满了刺激和视觉享受，在美丽和危险并存的空间里，玩家便开始了一场奇幻的冒险。
