幻想3:无尽之夜讲述的是一个救赎女儿揭开谜团的故事,故事的开始玩家将扮演一名父亲,开着自家的车子,载着自己心爱的女儿去参加女儿的高中毕业舞会,在去往舞会的途中遭遇了一场令人惊悚的变故,女儿在雾蒙蒙的情景中被一个黑色的恐怖人影绑架了。玩家迅速的逃离出车子准备去追女儿,然而此时,却发现自己竟然置身到了1964年的过去,一切就在突然间穿越回了那个时代,究竟是什么神秘力量促使玩家的女儿失踪,又是什么阴谋将玩家带到了过去呢?所有的谜底都等待着玩家自己来通过游戏关卡一层层的揭开,在揭开谜底的过程当中,线索的追踪是关键,玩家必须时刻掌握手中的唯一线索,从画面当中寻找到下一关的突破点,才能顺利的来到关卡情节当中,在幻想带来的光怪陆离之间找到女儿。